El control y certificación de la producción ecológica, se ejerció en España por un organismo público de ámbito estatal -el CRAE (Consejo Regulador de la Agricultura Ecológica, orden de 4 de octubre de 1989), hasta marzo de 1996, fecha en la que culminaba el traspaso de sus funciones a organismos dependientes de las Comunidades Autónomas.

El Reglamento (CEE) 2092/91 establece en sus artículos 8 y 9 el Sistema de Control según el cual se prevén dos sistemas distintos de ejercer el régimen de control: que se ejerza por una o varias autoridades públicas o bien por organismos privados autorizados y supervisados por una autoridad pública.

Cada país puede elegir uno de los dos sistemas o simultanear ambos.

En España, la mayoría de las Comunidades Autónomas ejercen el control y la certificación de los productos de la agricultura ecológica a través de Consejos o Comités de Agricultura Ecológica, que son organismos públicos, y que, en términos del Reglamento 2092/91, se denominan Autoridades de Control .

Cada Autoridad de Control, a su vez, está supervisada por la Consejería de Agricultura, o departamento equivalente, de cada comunidad autónoma, que ejerce de Autoridad Competente.

Estos organismos son órganos desconcentrados o corporaciones de derecho público. Sus órganos de decisión están formados por representantes del sector: productores, elaboradores, importadores de países terceros, elegidos democráticamente de entre los operadores, así como consumidores, asociaciones profesionales agrarias y representantes de la administración.

En algunas comunidades autónomas el control y la certificación se lleva a cabo por organismos privados autorizados.